V městské části Čakovice jsou tři mateřské školy jejichž zřizovatelem je městská část. Ta je také zřizovatelem základní školy Dr. Edvarda Beneše. Městská část také hradí náklady na provoz Centra pro předškolní děti (CPD), jehož zřizovatelem je DDM Praha 9.
V místě je také gymnázium a Základní umělecká škola, která nese jméno čakovické rodačky, slavné operní pěvkyně Marie Podvalové. Zřizovatelem těchto škol je hlavní město Praha, které je rovněž zřizovatelem Střední odborné školy a učiliště vychovávající studenty především v gastronomických oborech.
Vedle toho existuje ještě v Čakovicích Střední škola uměleckého designu s.r.o., která připravuje do života mladé výtvarníky.