V městské části Čakovice jsou dvě mateřské školy, jejichž zřizovatelem je městská část. Ta je také zřizovatelem základní školy. V současné době je ve stádiu zřízení třetí mateřská škola, která by měla zahájit činnost od školního roku 2008/2009.
V místě je také gymnázium a Základní umělecká škola, která nese jméno čakovické rodačky, slavné operní pěvkyně Marie Podvalové. Zřizovatelem těchto škol je hlavní město Praha, které je rovněž zřizovatelem Střední odborné školy a učiliště, vychovávající studenty v především v gastronomických oborech.
Vedle toho existuje ještě v Čakovicích Střední škola uměleckého designu s.r.o., připravující do života mladé výtvarníky.